Το έτος 2199, η ανθρωπότητα έχει συντριβεί από τον πόλεμο με τους εξωγήινους Γκάμιλας και έχει καταφύγει σε υπόγειες πόλεις λόγω των συνεχών επιθέσεων στη Γη. Οι επιστήμονες έχουν υπολογίσει ότι η ανθρωπότητα έχει περίπου ένα χρόνο ζωής ακόμη. Οι νεαροί αξιωματικοί Σουσούμου Κοντάι και Ντάισκε Σίμα ανακτούν μια κάψουλα από ένα εξωγήινο σκάφος που έπεσε στον Άρη και επιστρέφουν μαζί της στη Γη. Αυτή η κάψουλα περιέχει την τελευταία ελπίδα της ανθρωπότητας για να νικήσουν τους Γκάμιλας και να επαναφέρουν τον πλανήτη Γη στην αρχική του κατάσταση. Ένα ειδικά επιλεγμένο πλήρωμα, μαζί με το Διαστημικό Θωρηκτό Γιαμάτο, θα πρέπει να ταξιδέψουν στην άλλη άκρη του γαλαξία και να επιστρέψουν στη Γη, για να φέρουν την τεχνολογία που θα σώσει την ανθρωπότητα. Έχουν όμως ένα χρόνο περιθώριο για να ολοκληρώσουν το ταξίδι τους. Η μία περιπέτεια θα διαδέχεται την άλλη με προορισμό μόνο την επιστροφή στη Γη…